- Centro Brasileiro de Pesquisa Aplicada à Primeira Infância
- Centro de Excelência para Descoberta de Alvos Moleculares
- Centro de Excelência para Pesquisa em Química Sustentável
- Centro de Fitossanidade em Cana-de-Açúcar
- Centro de Inovação em Novas Energias
- Centro de Inovação em Produção de Energia
- Centro de Inovação Offshore Shell Brasil-FAPESP
- Centro de Melhoramento Molecular de Plantas
- Centro de Pesquisa Avançada de São Paulo para Controle Biológico
- Centro de Pesquisa de Plasticultura
- Centro de Pesquisa em Engenharia em Inteligência Artificial
- Centro de Pesquisa em Engenharia em Redes e Serviços Inteligentes para 2030
- Centro de Pesquisa em Engenharia para a Mobilidade Aérea do Futuro
- Centro de Pesquisa em Engenharia para Inovação em Gás Natural
- Centro de Pesquisa em Engenharia Prof. Urbano Ernesto Stumpf
- Centro de Pesquisa em Genômica para Mudanças Climáticas
- Centro de Pesquisa para Inovação em Gases de Efeito Estufa
- Centro para Pesquisa em Imuno-Oncologia
- Inteligência Artificial para Matemática e Aprendizagem Inovadora